Muziejaus taikomosios dailės rinkinys skaičiuoja per 100.000 eksponatų ir apima XIV - XX a. Lietuvos ir užsienio šalių taikomąją dailę. Didžiausią rinkinio dalį sudaro baldai, tekstilė, keramika, archeologija, gintaras, metalo dirbiniai, numizmatika. Formuojamos porceliano, stiklo, laikrodžių kolekcijos. Sukaupta nemažai vertingų vietinių meistrų gamybos istorinių baldų, koklių, senųjų auksakalių cechų bei gintaro dirbtuvių gaminių, LDK monetų, Slucko juostų, miesto ir gintaro archeologijos eksponatų.

Muziejuje saugomas ne mažiau vertingas XVII-XVIII a. Flandrijoje austų gobelenų rinkinys, turtingos liturginių rūbų ir indų kolekcijos. Ypač gausūs XX a. lietuvių profesionaliosios taikomosios dailės meninę raidą  ir nacionalinės mokyklos formavimąsi atspindintys keramikos, tekstilės, stiklo, juvelyrinių dirbinių kolekcijos.

Gintaro rinkinį sudaro arti 30.000 eksponatų. Tai visų pirma unikalūs gintaro gabalai ir inkliuzai, nuosekliai atspindintys gintaro susidarymo Žemės evoliucijoje procesus, gausi profesionalių dailininkų bei gintaro meistrų sukurtų dirbinių kolekcija, iliustruojanti ilgaamžes gintaro apdirbimo bei naudojimo tradicijas Lietuvoje.