Muziejaus liaudies meno rinkinys yra vienas didžiausių ir vertingiausių Lietuvoje. Jame per 25000 liaudies vaizduojamosios ir taikomosios dailės eksponatų, atspindinčių XIX a. pab. - XX a. Lietuvai, jos etnografiniams regionams būdingus liaudies amatus bei meninę kūrybą.

Liaudies vaizduojamosios dailės rinkinį sudaro XVII-XX a. medžio skulptūra, tapyba, grafika, geležinių kryžių viršūnės, koplytstulpiai ir koplytėlės. Jame ypač vertinga XIX - XX a. I p. tradicinių liaudies raižinių kolekcija, didžiausias šalyje Vinco Svirskio (1835-1916) kryžių su bareljefinėmis šventųjų figūromis rinkinys, unikali Lidos Meškaitytės miniatiūrų kolekcija.

Liaudies taikomosios dailės rinkinį sudaro baldai, medžio, metalo bei molio dirbiniai, verbos, margučiai, audiniai, mezginiai, nėriniai ir kiti meninę tautos prigimtį atskleidžiantys liaudies buities pavyzdžiai.

Gausiausias liaudies tekstilės rinkinys. Jame per 10 000 tradicinių senųjų ir šiuolaikinių audinių. Ypač vertinga XIX a. II p. siuvinėtų ir aplikuotų bažnytinių vėliavų kolekcija.

Piešinių - brėžinių rinkinys ir fototeka formavosi liaudies meno ekspedicijų metu. Piešiniuose ir gausioje fotomedžiagoje užfiksuoti etnografiniai pastatai, baldai, buities daiktai, audinių raštai ir tie tautodailės objektai, kurių muziejui nepavyko įsigyti.